1.准备珊瑚
2.准备设立的位置及水族箱
3.安装生物过滤系统
4.增设底砂及装饰
5.加温、打气马达及其他过滤设备
6.照明设备
7.准备养殖用水
8.启动及最后测试
9.培养生物过滤床
这些步骤并非一成不变，但是却很实际。在着手进行前，先确定你将需要用到的东西是否都在手边；即使是你只需要用一次的东西。拟定一个工作计划，并将工具及设备等放置在附近的桌子上。先在脑中模制出海水水族箱的大小尺寸，不过，它可能是经过几番修改最后才在选定的位置上建立起来。
准备珊瑚
装饰用的珊瑚是由千万个腔肠动物骨骼所组成的珊瑚礁岩之一部分。因为当你购买这些珊瑚时，它们已经是死的，所以必须先确定没有其他的生物居住在上面，才能放入水族箱中。设置水族箱的第一步骤便是准备珊瑚，但珊瑚需要一段相当长的时间才能确定是否已全然洗净。以下是清洗珊瑚的两种方法：1.将珊瑚浸泡在家庭用的漂白水溶液中(4·５公升或者1加仑的水加上二杯漂白水)一或两星期。在第二个星期里改以清水浸泡直到漂白水遗留的味道完全消失。珊瑚有许多回旋的表层，必须一次次地清洗。这个方法较为被广泛使用，但是有时漂白水的气味在清洁之后仍然无法去除。这时，可以流动的清水冲洗珊瑚48小时，便能将异味完全消除。2.将珊瑚煮沸一小时或更久，然后用水管将它整个冲洗以去除碎屑，接着用清水浸泡一夜，于以水管冲洗一次，最后将它放在阳光下曝晒几天，使之得以天然漂洗。
这些方法也可以应用在清洗贝壳上(但必须连贝壳的整个内部都清洗干净)，及其他生长于海水中的装饰品。
有一项不幸的巧合，即愈是漂亮吸引人的珊瑚就愈是易碎，当然也就愈贵。等到你对珊瑚有了相当的经验后，也可以收集碎片，用来拼造各种图案。
装设位置
装设水族箱的位置最好选择在电源插座附近，且易于接近的地方。这并非只是为了方便装设，也是考虑到日后的定期保养维护。然后铺上一片软塑胶片或其他适合材质的垫片，如：保丽龙板，使水族箱能稳定地安置其上。
清除水族箱附近的障碍物，以防被绊倒———尤其在提着水或是拿着贵重的珊瑚时。并确定你有足够的空气导管及电力输送线、连接分叉管、空气调节阀及电源插座，而后才能装设。
在水族箱的上方或下方，安装一个放外部设备的架子，可以把一切杂物装入，方便你日后作业。
新水族箱千万不能漏水，如果有点怀疑，可以先在户外做一次试验，发现漏水之处，可以用矽胶黏补，但这也必须在室外进行，因为矽胶会挥发，对人体有害。在所有漏水之处都解决之后，用盐水将多余的矽胶洗掉，并清洗整个水族箱及玻璃隔板。
然后可在水族箱外将电源线及空气调节阀先安装排列妥当(但并非要立刻使用)，如果水族箱靠着墙壁，这时可以把水族箱后面的玻璃黏上一层背景板，以避免墙的颜色等透过玻璃而破坏了景观。如果水族箱的后面是房间，也可以假的海景或珊瑚及别种物品布置的景致来遮蔽。并以聚光灯照射，期能得到扩张的幻景，使视觉“加深”，当然，此时背面就不需要黏背景板了。
安装生物过滤系统
在铺设底层之前先装设生物过滤系统，务必使过滤底板完全地覆盖住箱槽的基部并确保空气能完全畅通至每一处。基本上是水必须均匀地流在底层之上，也必须确定过滤底板的周边无罅缝，如果发现有裂缝，则须以专用的水族箱接合剂黏住。使用了接合剂后，须等待24小时以确保确实黏合后，才能继续着手下面的工作。
确实接好空气扬升管。有些气动式过滤器的空气管线必须正确地连接在空气扬升管上，不可误接也不可松动，因为以后这些管线都被覆盖在底层下面，再也难以接触到。管线的另一端则接到外部的塑胶管上。
如果使用动力生物过滤器，不可把笨重的马达头直接连接在回水管顶部，那非但造成维护上的不便，更有翻下来砸坏水中装饰的可能，甚或对水族箱造成更大的损坏。同样地，如果使用“逆流”过滤系统，需要到最后才能将动力过滤器的水流管接在回水管的底部，并须向供应商询问各种管路之连接方式。
最新一代的沉水生化过滤器，配备高效率力马达，不但过滤效果极佳，更绝对寂静无声；加上特制过滤棉质之使用，可快速培殖大量硝化细菌；更有上、中、下三处入水口进入过滤器，完全无循环死角。因此有了沈水生化过滤器，就可安全取代底部过滤系统及上部过滤系统，不但安全不漏电，更可轻松地维护，使海水鱼生长在洁净安全之环境下。
增设底层及装饰品
装设底层之前，首先须确定使用的材料是否已经完全清洗过了，尤其是选用碎珊瑚或珊瑚砂为底层材料时，因为这些材料上可能残留已死的有机物。把这些物质浸泡在清水里一段时间，也就没问题了，同时可以利用这些时间，清理要用的石头或装饰品。
把这些粗糙的底层介质均匀地洒在过滤底板上约5～7·５厘米，上面加一层塑胶细网以防止松动，而后在上面铺细碎的珊瑚砂，细网的作用除了防止鱼只扒刨之外，也避免它们不小心自己陷了下去。往后部逐渐将砂石的厚度增高约5厘米，有斜坡的地方则以小石子垫在下面。在尚未安置妥全部的“技术装备”之前，别把石块及珊瑚用完。